Yannick Merlin est organiste co-titulaire à l'Église Notre-Dame-des-Champs à Paris depuis octobre 2008 et organiste suppléant de l'orgue Cavaillé-Coll de l'Église du Val-de-Grâce à Paris depuis juillet 2005. Professeur agrégé de musique, il est diplômé des Facultés de musicologie de Strasbourg et de Paris/Sorbonne.
Concertiste (France, Allemagne, Suisse, Belgique, Pologne, Angleterre, Pays-Bas), il se produit en soliste, avec Béatrice Piertot (DUO MERLIN) ou avec des formations orchestrales (orchestre à cordes de la Garde Républicaine…). En tant que musicologue, il a publié plusieurs articles dans les revues L’Orgue, L’Annuaire de     
Sélestat ou La Flûte Harmonique. Depuis 2005, il est directeur de collections aux éditions Delatour France.

De 1995 à 2001, il a été organiste titulaire de l'orgue Merklin du couvent Saint-Antoine de Sélestat et de 1998 à 2007, organiste titulaire de l'orgue Merklin du Temple-Neuf de Strasbourg. Après avoir débuté l'orgue en 1993 avec Raymond Winterhalter, il intègre le Conservatoire de Strasbourg dans les classes d'orgue de Marc Schaefer et d'improvisation à l'orgue de Christophe Mantoux. Parallèlement, il reçoit l’enseignement d’André Stricker. De 1998 à 2001, il suit les cours de piano de Lara Erbès, ainsi que ceux de Martin Gester (littérature d'orgue des XVI° et XVII° siècles). En 2001, il obtient une médaille d'Or d'orgue au Conservatoire de Strasbourg. De 2001 à 2003, il se perfectionne dans la classe de soliste du « Conservatoire de Paris-CNR » (Marie-Louise Langlais) ainsi qu’avec Françoise Levêchin. Parmi les grands artistes que Yannick Merlin a eu l’occasion de fréquenter et qui ont pu lui prodiguer de précieux conseils, on peut nommer Louis Thiry, Jean Boyer, James-David Christie (USA) et Marie-Claire Alain. Il est également lauréat des Concours Internationaux d'Orgue de Lorraine, de l'U.F.A.M. et de la ville de Paris, ainsi que du Concours d'Orgue d'Angers.

Discographie : L’orgue Alsacien des XIX° et XX° siècles (Ctesibios 2005).

Couleurs Orchestrales (transcriptions pour orgue à quatre mains avec Béatrice Piertot, Ctésibios 2010).

Il a aussi participé à l’enregistrement des Vingt Mystères du Rosaire d’Éric Lebrun sur l'orgue de Saint-Antoine des Quinze-Vingts (Bayard Musique 2010).

Un musicien à l’œuvre (compositions de J.-J Werner avec la Maîtrise de Notre-Dame de Paris, Ctésibios 2010)

Scènes alsaciennes, 2ème CD du DUO MERLIN (sur l’orgue Callinet historique rénové de Mollau, 2011).

Yannick Merlin est le dédicataire d’œuvres de J.-J. Werner, V. Paulet, T. Pallesco, T. Nemoto, E. Lebrun et de G. Hilpipre. En mai 2010, avec F. Frémeau, trompettiste, Y. Merlin a créé la Suite pour Rameau d’Olivier ALAIN, en présence de sa sœur, Marie-Claire ALAIN.