Ancien élève de Gaston Litaize, Eric Lebrun fait ses études au Conservatoire de Paris. Il en sort muni des plus hautes distinctions, dont un premier prix d’orgue dans la classe de Michel Chapuis.
Il étudie entre autres auprès d’Anne-Marie Barat, de Daniel Roth, du pianiste Bruno Rigutto, des musicologues Jean Maillard, Brigitte François-Sappey, Jean Saint-Arroman, avec qui il participe à la reconstitution de la musique d’offices complets du XVIIème siècle.
Après avoir enseigné au Conservatoire de Fontainebleau, à la Sorbonne, dirigé l'Ecole Nationale de Musique et de Danse de Cachan, puis fondé le cours de Didactique du Conservatoire National Supérieur de Musique de Paris, Eric Lebrun est aujourd'hui professeur d'orgue au Conservatoire National de Région de Saint-Maur des Fossés. Il est aussi professeur invité permanent du Conservatoire de Zwolle en Hollande et directeur artistique des Académies d'orgue d'Issenheim et de Sarlat. Il est titulaire des Certitificats d'Aptitude aux fonctions de professeur d'orgue, de culture musicale et de directeur.
Lauréat et finaliste de plusieurs concours internationaux (orgue, composition, musique de chambre), il est nommé en 1990 organiste titulaire du grand orgue Cavaillé-Coll de l’église Saint Antoine des Quinze-Vingts à Paris, où il enregistre notamment les œuvres complètes de Jehan Alain, Maurice Duruflé et César Franck ainsi que plusieurs émissions pour France-Musique.
Comme compositeur, il est l’auteur d’une vingtaine d’œuvres, allant du violon seul à l’oratorio, dont un cycle de Mystères du Rosaire, Trois poèmes liturgiques (commande du Festival de musique sacrée de l’abbaye de Sylvanès), Sonata sacra pour grand orgue (commande du Festival du Comminges), Canticum fratris solis d’après François d’Assise (création France-Musique).

Il signe en 2006 une biographie de D.Buxtehude (Bleu-Nuit Editeur), dont il enregistre la même année l’œuvre d’orgue en 6 CD avec Marie-Ange Leurent (Bayard-Musique), qui obtient le Grand prix du disque de l’Académie Charles Cros, puis l’intégrale de l’œuvre d’orgue de Boëly (Choc du Monde de la Musique), accompagnée d’une biographie co-signée avec Brigitte François Sappey. Eric Lebrun est le président-fondateur de l'Association Gaston Litaize. Il a enregistré avec Marie-Ange Leurent l'oeuvre d'orgue de ce compositeur pour son centenaire en 2009.
Plus récemment, il grave les Vingt Mystères du Rosaire op10, puis un double-album consacré à Franz Liszt (Bayard-Musique 2010) et enfin 'Inventions & Sinfonies' un cycle sacré de J.S.Bach, enregistré avec Marie-Ange Leurent sur l'orgue Grenzing de Saint-Cyprien en Périgord (Bayard-Musique 2012).