Né à Kérity-Paimpol (Côtes d'Armor) en 1951, Jean-Dominique Pasquet commence ses études musicales à l'âge de 5 ans. Particulièrement attiré par l'orgue, il poursuit sa formation à l'Ecole Normale de Musique de Paris dans la classe de Suzanne Chaisemartin et reçoit également les conseils de Françoise Renet pour l'interprétation de l'oeuvre de Marcel Dupré.

Nommé à 19 ans titulaire de l'église du Val de Grâce, puis du Temple du Saint-Esprit à Paris, il n'en quittera la tribune que 7 ans plus tard pour se consacrer à l'enseignement, aux concerts et à la composition.

Professeur titulaire des Conservatoires de la Ville de Paris jusqu'en 2002, chargé de cours au Conservatoire National Supérieur de Musique de Paris de 1979 à 1990, il enseigne l'analyse musicale à l'Ecole Normale depuis 1981.

Dans son répertoire, Jean-Dominique Pasquet a fait une large part à l'oeuvre de Marcel Dupré, aux compositeurs bretons et à la musique d'orgue symphonique. En tant que compositeur, il a collaboré à la revue "Musique Sacrée-L'Organiste". Ses oeuvres enregistrées en Allemagne, au Luxembourg, en Angleterre et en France, sont éditées chez Europart-Music, Zurfluh et Bayard-Nizet.

Vice-président de l'Association des Amis de l'Art de Marcel Dupré de 1996 à 2010, Jean-Dominique Pasquet a été nommé en 2009 organiste titulaire du Temple de l'Oratoire du Louvre.